ナノポアシーケンスデータ解析入門セミナー2024
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Zoom見逃し視聴あり

オンライン受講/見逃視聴なし → 

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☆ゲノムアセンブリやプラスミドシーケンス等の実践的な内容を通じて、
 ナノポアシーケンスの理解度向上を図って参ります。
☆入門講座として、より丁寧に分かりやすく解説いたしますので、
 事前知識に不安のある方はもちろん、知識を深めたい方も、是非ご参加ください。

豊富な事例と共に学ぶ!
バイオインフォマティクス・データ解析入門2024

ナノポアシーケンスデータ解析を中心に、
基礎から応用に至るまで、具体的な手順やコツを学ぶ
<Zoomによるオンラインセミナー・見逃し配信あり>

講師

慶應義塾大学
先端生命科学研究所 所長
政策・メディア研究科 教授
博士(政策・メディア)
荒川和晴 氏

講師紹介

■経歴
 慶應義塾大学先端生命科学研究所所長、同大学院政策・メディア研究科教授、同環境情報学部教授。自然科学研究機構 生命創成探究センター客員教授。国立研究開発法人 理化学研究所 客員主管研究員。
 2006年慶應義塾大学大学院政策・メディア研究科修了。博士(政策・メディア)。日本学術振興会特別研究員 (PD)、慶應義塾大学大学院政策・メディア研究科特別研究助手、同特任講師、同特任准教授、環境情報学部准教授を経て,2022 年より現職。 2023年より所長就任。
 月山と日本海に抱かれた豊かな食文化の街鶴岡で、《最強生物》クマムシ乾眠を通じて物質-生命の境界を探究し、《最強素材》クモ糸高機能発現メカニズムの解析から情報-生命の連関を研究すると共に、次世代バイオマテリアルの実用化に向けた産学連携を推進している。

■専門および得意な分野・研究
・バイオインフォマティクス
・システム生物学
・オミクス科学
・ゲノミクス
・メタボロミクス
・バイオマテリアル
・極限環境耐性

■本テーマ関連学協会での活動
・国際計算生物学会 (International Society for Computational Biology)
・日本バイオインフォマティクス学会
・日本分子生物学会
・ナノポア現場の会
・オープンバイオ研究会

日時・会場・受講料

●日時 2024年11月15日(金) 10:30-15:30
●会場 会場での講義は行いません。
●受講料
  【オンラインセミナー(見逃し視聴なし)】:1名41,800円(税込(消費税10%)、資料付)
  *1社2名以上同時申込の場合、1名につき30,800円

  【オンラインセミナー(見逃し視聴あり)】:1名47,300円(税込(消費税10%)、資料付)
  *1社2名以上同時申込の場合、1名につき36,300円

 *学校法人割引;学生、教員のご参加は受講料50%割引。→「セミナー申込要領・手順」を確認下さい。

●録音・撮影行為は固くお断り致します。


■ セミナーお申込手順からセミナー当日の主な流れ →

※配布資料等について

●配布資料はPDF等のデータで配布致します。ダウンロード方法等はメールでご案内致します。
・配布資料に関するご案内は、開催1週前~前日を目安にご連絡致します。
・準備の都合上、開催1営業日前の12:00までにお申し込みをお願い致します。
 (土、日、祝日は営業日としてカウント致しません。)
・セミナー資料の再配布は対応できかねます。必ず期限内にダウンロードください。

●当日、可能な範囲でご質問にお答えします。(全ての質問にお答えできない可能性もございます。何卒ご了承ください。)
●本講座で使用する資料や配信動画は著作物であり、無断での録音・録画・複写・転載・配布・上映・販売などは禁止致します。
●ご受講に際しご質問・要望などございましたら、下記メールアドレス宛にお問い合わせください。
req@*********(*********にはjohokiko.co.jpを入れてください)

オンラインセミナーご受講に関する各種案内(ご確認の上、お申込みください。)
・PC/タブレット/スマートフォン等、Zoomが使用できるデバイスをご用意ください。
・インターネット 回線速度の目安(推奨) 下り:20Mbps以上
・開催が近くなりましたら、Zoom入室URL、配布資料、当日の流れなどをメールでご連絡致します。開催前日(営業日)の12:00までにメールが届かない場合は必ず弊社までご一報ください。
・受講者側のVPN、セキュリティ設定、通信帯域等のネットワーク環境ならびに使用デバイスの不具合については弊社では対応致しかねますので予めご了承ください。

Zoom
Zoom使用に関する注意事項(クリックして展開)
・公式サイトから必ず事前のテストミーティングをお試しください。
 → 確認はこちら
 →Skype/Teams/LINEなど別のミーティングアプリが起動していると、Zoomで音声が聞こえない、
  カメラ・マイクが使えない等の事象が起きる可能性がございます。
  お手数ですが、これらのアプリは閉じた状態にてZoomにご参加ください。
 →音声が聞こえない場合の対処例

・Zoomアプリのインストール、Zoomへのサインアップをせずブラウザからの参加も可能です。
 →参加方法はこちら
 →一部のブラウザは音声が聞こえない等の不具合が起きる可能性があります。
  対応ブラウザをご確認の上、必ず事前のテストミーティング をお願いします。
  (iOSやAndroidOS ご利用の場合は、アプリインストールが必須となります)

見逃し視聴あり
申込み時に(見逃し視聴あり)を選択された方は、見逃し視聴が可能です。
(クリックして展開)
・見逃し視聴ありでお申込み頂いた方は、セミナーの録画動画を一定期間視聴可能です。
・セミナーを復習したい方、当日の受講が難しい方、期間内であれば動画を何度も視聴できます。
・原則、遅くとも開催4営業日後までに録画動画の配信を開始します(一部、編集加工します)。
・視聴期間はセミナー開催日から4営業日後を起点に1週間となります。
 ex) 2/6(月)開催 セミナー → 2/10(金)までに配信開始 → 2/17(金)まで視聴可能
 ※メールにて視聴用URL・パスワードを配信します。配信開始日を過ぎてもメールが届かない場合は必ず弊社までご連絡ください。
 ※準備出来しだい配信致しますので開始日が早まる可能性もございます。その場合でも終了日は変わりません。
  上記例の場合、2/8(水)から開始となっても2/17まで視聴可能です。
 ※GWや年末年始・お盆期間等を挟む場合、それに応じて弊社の標準配信期間設定を延長します。
 ※原則、配信期間の延長は致しません。
 ※万一、見逃し視聴の提供ができなくなった場合、
  (見逃し視聴あり)の方の受講料は(見逃し視聴なし)の受講料に準じますので、ご了承ください。
 →見逃し視聴について、こちらから問題なく視聴できるかご確認ください。(テスト視聴動画へ) パスワード「123456」 

セミナーポイント

講座のポイント
 ナノポアシークエンサーは、膜タンパクを通過するDNAの電気シグナルの変化によって塩基配列を読み解く第三世代のシークエンサーであり、1. 手に乗るほど小型で安価であること、2. DNAだけでなくRNAも直接読め、さらに修飾塩基も決定できること、3. 読める長さに制限がなく、数百kbpのDNAが読み取れること、などのユニークな特徴を持つ。当初懸念された精度も近年では99~99.9%程度に向上している。一方、そのデータ解析はこれら特徴からIlluminaなどのシークエンサーとは異なる側面もあるため、本講義では事例と共に、ゲノムアセンブリーやプラスミドシークエンスなどを実践的に解説し、ナノポアシークエンサーデータのデータ解析の基本から応用までを紹介する。

受講後、習得できること
・ナノポアシークエンスデータ解析の環境構築
・シークエンスデータの前処理・クオリティコントロール方法
・バクテリアゲノムのアセンブリーとアノテーション
・真核生物(非脊椎動物)ゲノムのアセンブリーとアノテーション
・プラスミドシークエンシングの実験手法と解析手法

本テーマ関連法規・ガイドラインなど
・人を対象とする生命科学・医学系研究に関する倫理指針(厚生労働省)
 ただし、本講義ではヒトのデータは扱わないので、各自扱う場合のみ。

講演中のキーワード
・ナノポアシークエンサー
・ゲノムアセンブリー
・ロングリード
・バクテリアゲノム
・プラスミドシークエンシング

セミナー内容

1. 事例紹介
 1.1 ナノポアシークエンスによるクモ糸タンパクの解析及び人工タンパク素材設計
  ・野外採取のクモ1000種の解析や、Direct RNA-Seqを含む、
  長鎖リピート配列で構成されるクモ糸遺伝子の全長配列をナノポアロングリードによって解析した例を取り上げます。
 1.2 ナノポアシークエンスによる超微量DNAからの極限環境耐性生物クマムシゲノムの解析
  ・体長2-300µmの微小動物クマムシから抽出できる超微量DNA (1個体あたり50pg程度) の野外サンプルから
  Droplet-MDA法によって全ゲノム決定をした例を取り上げます。
  ・クマムシ内で働く遺伝子発現ベクターTardiVecと、これを日常的に大量に作成する際に
  プラスミド全長シークエンスをナノポアシークエンサーで行う事例についても紹介します。

2. 実践的講義
 2.1 ナノポアシークエンスデータ環境整備と前処理
  ・必要なコンピュータ・ソフトウェア環境
  ・ベースコール・フィルタリング・クオリティコントロール
 2.2 微生物ゲノムシークエンスとアセンブリー・アノテーション (数Mbpを想定)
  ・ゲノム抽出・ライブラリ作成(簡単に)
  ・フィルタリング・アセンブリー・ポリッシング
  ・遺伝子予測とアノテーション
 2.3 動物ゲノムシークエンスとアセンブリー・アノテーション (数百Mbp~数Gbpを想定)
  ・ゲノム抽出・ライブラリ作成(簡単に)
  ・フィルタリング・アセンブリー・ポリッシング
  ・遺伝子予測とアノテーション
 2.4 サンガーシークエンスを代替するナノポアシークエンスによるプラスミドシークエンシング
  ・シークエンス手順
  ・データ解析手順

3. 質疑応答

セミナー番号:AB241149

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